Architecte DPLG, Jean-François Bernard a soutenu sa thèse de doctorat en histoire ancienne à l'Université de Bordeaux Montaigne en 2001.
Après avoir occupé le poste d'architecte de fouilles de l'Institut d'Études Anatoliennes à Istanbul (1997-2002), il a intégré l'Institut de Recherche sur l'Architecture Antique (UMR 6222, Aix-en-Provence), puis, de 2002 à 2013, a été détaché à l'Ecole française de Rome en tant que responsable du service archéologique. Il a assuré la direction du programme de recherche ANR « Piazza Navona » de 2006 à 2010. Il a ensuite rejoint l'équipe d'Archéovision en janvier 2014.
La représentation des monuments, qu'elle soit graphique, photographique, ou réalisée grâce aux technologies les plus innovantes, participe du soucis d'étudier, de protéger, de transmettre le patrimoine et s'inscrit dans la continuité d'un parcours professionnel largement consacré aux différentes formes d'usage moderne des monuments anciens. Jean-François Bernard poursuivra le travail mené à bien par Robert Vergnieux pendant près de 20 ans pour faire dialoguer sciences humaines et nouvelles technologies.