Le programme Thèses vise à renforcer les capacités de recherche au plan national sur les domaines d'intervention de l'agence. Depuis 1992, plus de 1800 étudiants ont bénéficié de ce programme pour ensuite s'insérer professionnellement en tant que chercheur dans les établissements publics, dans les entreprises, dans les métiers de service, voire pour créer leur propre entreprise. Ainsi, chaque année, une cinquantaine de projets de thèse sont retenus (et cofinancés par l'ADEME).