Valérie Pécresse, ministre de l'Enseignement supérieur et de la Recherche, Catherine Bréchignac, présidente du CNRS, et Arnold Migus, directeur général du CNRS, ont signé le 19 octobre 2009 le contrat d'objectifs du CNRS avec l'État.
Ce contrat organise, pour les cinq prochaines années, la mise en oeuvre opérationnelle du Plan stratégique du CNRS "Horizon 2020" approuvé en 2008.
Il définit les grandes orientations scientifiques de la recherche au CNRS pour la prochaine décennie et les actions à mener pour atteindre ces objectifs. Le CNRS s’engage ainsi à poursuivre 56 actions scientifiques concrètes, véritable feuille de route pour l'établissement. Il conduira sa réorganisation en dix Instituts recouvrant l'ensemble des disciplines scientifiques présentes au sein de l’organisme et confiera à la direction du CNRS les grands arbitrages entre les Instituts et la mise en œuvre de l'interdisciplinarité.
L’État, pour sa part, prévoit le maintien des emplois pour 2010 et 2011 et l’augmentation des moyens financiers alloués au CNRS pour la mise en place de la nouvelle organisation et pour la poursuite d’une stratégie d’excellence.