Le contrat d'objectifs du CNRS avec l'Etat 2009-2013 a été mis en application dès la parution du décret modifiant l'organisation du CNRS, le 1er novembre 2009. Catherine Bréchignac et Arnold Migus ont signé la création des dix Instituts du CNRS.
Les directeurs de l'IN2P3 et de l'INSU continuent d'exercer leurs fonctions. Les directeurs des anciens départements du CNRS ainsi que les deux chargés de mission pour la création des Instituts INSMI et INS2I ont été nommés directeurs par intérim des nouveaux Instituts du CNRS.
Les directeurs des dix Instituts du CNRS sont :
- Institut de chimie (INC) : Gilberte Chambaud
- Institut écologie et environnement (INEE) : Françoise Gaill
- Institut de physique (INP) : Bertrand Girard
- Institut national de physique nucléaire et de physique des particules (IN2P3) : Michel Spiro
- Institut des sciences biologiques (INSB) : Patrick Netter
- Institut des sciences humaines et sociales (INSHS) : Bruno Laurioux
- Institut des sciences informatiques et de leurs interactions (INS2I) : Michel Habib
- Institut des sciences de l'ingénierie et des systèmes (INSIS) : Pierre Guillon
- Institut des sciences mathématiques et de leurs interactions (INSMI) : Guy Métivier
- Institut national des sciences de l'Univers (INSU) : Dominique Le Quéau