Le Blob et la démarche scientifique

Institutionnel

Que vous ayez été sélectionnés pour "Derrière le blob, la recherche", l'expérience de science participative proposée par le CNRS, ou que vous soyez passionnés par le blob, vous trouverez ici, au fil des semaines, toutes les informations et ressources qui vous permettront de réaliser votre expérience tout en vous familiarisant avec la démarche scientifique.

Qu'est-ce qu'un blob ?

Pour réaliser un élevage de blob, il convient au préalable de connaître un petit peu mieux cet organisme particulier. Un blob n’est ni un animal, ni un végétal, ni un champignon. C’est ce qu’on appelle un myxomycète, avec des caractéristiques qui lui sont propres. Le blob n’est composé que d’une seule cellule de très grande taille, mais qui comprend des millions de noyaux (qui contiennent chacun une copie de son ADN). Dans la nature, on le trouve sur le sol humide des forêts. C’est là qu’à l’abri de la lumière (qu’il cherche à éviter), il va grandir et se déplacer lentement à la recherche de nourriture.

Il intéresse les chercheurs notamment parce que, bien qu’il ne possède ni cerveau, ni système nerveux (puisque ce n’est qu’une seule cellule), il est capable d’une forme d’apprentissage et d’une optimisation de ses déplacements pour assimiler sa nourriture.

Lorsque les conditions environnementales se détériorent, le blob va former un sclérote, un état dormant très résistant aux conditions externes : le blob attend que son environnement soit de nouveau favorable à sa croissance. C’est sous cette forme de sclérote qu’il peut être transporté facilement et que le CNRS l'enverra aux volontaires sélectionnés.

Pour en savoir plus sur le blob, visionnez le reportage "Le blob, la cellule qui apprend".

La démarche scientifique

Constat sur le réchauffement climatique

Blob en forêt

En 1992, 1 700 scientifiques ont signé un premier appel*, nous invitant à prendre conscience de l'impact des activités humaines sur le climat mondial et l'écosystème. En 2017, 25 ans plus tard, un deuxième appel* est signé par plus de 15 000 scientifiques. Le mouvement n'a cessé de prendre de l'ampleur, puisque en 2019, plus de 21 000 scientifiques ont approuvé ce deuxième appel.

Aujourd’hui, des preuves fondées sur des observations et des projections théoriques s'accumulent et montrent que l’ensemble de la biosphère est affecté par les changements climatiques (références n° 1-4). Tous les êtres vivants étant connectés les uns aux autres par le biais d'interactions écologiques, le déclin d’une seule espèce va perturber de nombreuses interactions et par effet boule de neige aura des conséquences considérables sur l'ensemble des écosystèmes.

Au sein de la biosphère, les communautés microbiennes remplissent des fonctions vitales pour l'écosystème. Dans les forêts par exemple, les micro-organismes jouent un rôle clé dans la décomposition de la matière organique et la minéralisation des sols. Le monde microbien soutient ainsi la croissance des plantes et par extension celle de toute la biosphère. Bien que les micro-organismes jouent un rôle crucial dans la biosphère, ils font rarement l'objet d'études sur le changement climatique et ne sont jamais pris en compte dans l'élaboration des politiques de protection de l’environnement (référence n°5) .

Au sein de ces communautés microbiennes, on retrouve les Myxomycètes. Les Myxomycètes sont des organismes qui vivent sur des débris organiques : feuilles mortes ou bois en décomposition. La santé et la résilience des forêts dépendent en partie des Myxomycètes, qui jouent un rôle essentiel dans le cycle du carbone. En effet, lors de leur phase de croissance, aussi appelée phase végétative, ils forment une masse gélatineuse mobile (le plasmode), qui se nourrit de matière organique : bactéries et champignons.

Afin d’examiner les réponses des Myxomycètes à des changements climatiques simulés, vous allez élever deux espèces de Myxomycètes (Physarum polycephalum et Badhamia utricularis) sous différents régimes de température et mesurer leur croissance et leur comportement.
Ce projet aura plusieurs objectifs : vous présenter la démarche scientifique, vous sensibiliser au réchauffement climatique et vous faire apprécier un membre unique de notre écosystème : le blob.

Références* :
1. Barnosky et al. (2011) Has the earth's sixth mass exctinction already arrived ? Nature 471, 51–57 (2011).
2. Crist et al. (2017) The interaction of human population, food production, and biodiversity protection. Science 356, 260–264.
3. Johnson et al. (2017) Biodiversity losses and conservation responses in the Anthropocene.
Science 356, 270–275.
4. Pecl et al. (2017) Biodiversity redistribution under climate change: Impacts on ecosystems and human well-being. Science 355, eaai921.
5. Cavicchioli et al. (2019) Scientists’ warning to humanity: microorganisms and climate change. Nature Reviews Microbiology, 17, 569-586.

* documents en anglais

Principe des vagues de chaleur

Différentes vagues de chaleur
Définies comme des périodes prolongées de chaleur excessive (référence n°1), les vagues de chaleur ont de nombreuses répercussions négatives, notamment sur la santé humaine (on se rappelle toutes et tous de la canicule de 2003, sauf peut-être les plus jeunes, référence n°2), l'agriculture (référence n°3), la fréquence et l'intensité des incendies de forêt (référence n°4) …etc. Ces effets s'accentuent avec le réchauffement de la planète. Les vagues de chaleur présentent de multiples caractéristiques, notamment leur intensité, leur fréquence, leur durée. Il est généralement admis que l'intensité, la fréquence et la durée des vagues de chaleur ont toute trois augmenté depuis quelques années (références n°5 et 6).
Lors du projet “Derrière le blob, la recherche”, vous n’allez donc pas vous contenter d'augmenter la température, vous allez chercher à étudier les effets de la durée, de l’intensité et de la fréquence des vagues de chaleur. C'est pourquoi le CNRS va vous proposer différents profils de température (1 profil = 1 protocole). Il y aura au total 15 profils différents à tester sur deux espèces de myxomycètes (Physarum polycephalum et Badhamia utricularis), chacune représentée par plusieurs souches (1 souche = 1 individu). Les effets des caractéristiques des vagues de chaleur pourraient en effet être différents selon les espèces et selon les individus. C’est pourquoi nous avons besoin de vous, car le nombre de combinaisons : profil de température*espèce * souche est énorme.

Références* :
1- Perkins, S. E. & Alexander, L. V. On the measurement of heat waves. J. Clim. 26, 4500–4517 (2013).
2- McMichael, A. J. & Lindgren, E. Climate change: present and future risks to health, and necessary responses. J. Intern. Med. 270, 401–413 (2011).
3- Thornton, P. K., van de Steeg, J., Notenbaert, A. & Herrero, M. The impacts of climate change on livestock and livestock systems in developing countries: a review of what we know and what we need to know. Agric. Syst. 101, 113–127 (2009).
4- Westerling, A. L., Hidalgo, H. G., Cayan, D. R. & Swetnam, T. W. Warming and earlier spring increase western US forest wildfire activity. Science 313, 940–943 (2006).
5- Perkins, S. E., Alexander, L. V. & Nairn, J. R. Increasing frequency, intensity and duration of observed global heatwaves and warm spells. Geophys. Res. Lett. 39, L20714 (2012).
6- Russo, S. et al. Magnitude of extreme heat waves in present climate and their projection in a warming world. J. Geophys. Res.: Atmospheres 119, 12–500 (2014).
 
*Documents en anglais

Qu'est-ce que le blob ?

Réseau veineux du blob
Photo 1 : réseau veineux du blob
Le blob est un organisme unicellulaire étrange qui n’a de cesse de nous étonner. Héros d’un livre et personnage principal d’un documentaire, il peut actuellement se vanter d’avoir un 35m2 au zoo de Vincennes et d’avoir accompagné Thomas Pesquet dans sa dernière Mission à bord de l’ISS. Mais qu’est ce qu’un blob? Pour le définir, on commence souvent par dire ce qu’il n’est pas: le blob n’est pas un champignon, pas un animal et pas une plante. Le blob appartient au règne des amibozoaires.  Les amibozoaires (en grec signifie « animaux changeants » ) sont des êtres unicellulaires (composés d’une unique cellule) qui peuvent prendre beaucoup de formes (comme de la pâte à modeler). Ils se déplacent et se nourrissent grâce à des extensions de la cellule appelées pseudopodes (du grec “faux pieds”), des sortes de petits bras extensibles et rétractables (voir photo 2). Les premiers amibozoaires auraient divergé de la lignée évolutive qui a donné les animaux et les champignons il y a plus d’un milliard d'années. En bref, nous les humains partageons avec le blob de très très très lointains ancêtres.
 
Un autre amibozoaire, Amoeba proteus
Photo 2 : Amoeba proteus, un autre amibozoaire, vu au microscope
 
Au niveau cellulaire, le blob est tout à fait étrange. Premièrement, contrairement à la plupart des cellules, le blob n’a pas un noyau qui renferme son ADN (l’ADN est une macromolécule qui contient l’information génétique, en bref le mode d’emploi de la cellule) mais plusieurs milliers et parfois millions de noyaux (voir photo 3) !
 
Noyaux de blob
Photo 3 : Noyaux de blob vus au microscope
Deuxièmement, il est parcouru d’un réseau veineux (voir photo 1) dans lequel coule un liquide jaune (le cytoplasme). Ce liquide à la même fonction que notre sang, il permet de distribuer les nutriments et l'oxygène aux quatre coins du blob. Troisièmement, le blob se déplace grâce à la contraction de ses veines. Sous l’effet des contractions, le cytoplasme qui coule dans ses veines se déplace (comme lorsqu'on appuie sur un tube de dentifrice) jusqu’à heurter la membrane (l’enveloppe du blob).
 

Celle-ci sous la pression du cytoplasme, se déforme et avance de 0.2 millimètre (voir les vidéos). Ensuite les veines se relaxent ce qui entraîne le cytoplasme dans la direction opposée. Lorsque le cytoplasme se retire la membrane en réponse se relâche un peu et recule alors de 0.1mm. Ensuite les veines se contractent à nouveau et le cytoplasme est à nouveau poussé vers l’avant et la membrane avance encore. En bref, le blob avance, recule un peu, avance à nouveau et ainsi de suite, tout comme la marée !
 

Le blob n’a de cesse de défier nos connaissances sur le vivant. Premièrement la notion de taille, composé d’une seule cellule, il double voire triple de taille quotidiennement et peut ainsi atteindre plusieurs mètres carrés. Deuxièmement le concept d’individualité : coupé en deux, il donne deux individus autonomes et fonctionnels qui peuvent ensuite reformer un unique organisme par fusion. Troisièmement, l'inflexible vieillissement cellulaire : le blob se régénère suite à une période de dormance qui peut durer plusieurs années et peut ainsi vivre très longtemps. Enfin, la définition même de l’apprentissage et de la mémoire : le blob nous a montré récemment qu’il pouvait apprendre tout en étant dépourvu de système nerveux.
 
Toutefois, aussi incroyable et résistant soit-il, le blob est impacté par les changements de notre environnement et en particulier les vagues de chaleur. Le blob vit habituellement dans les forêts sur le bois en décomposition, sur les mousses ou dans la litière des feuilles. Il aime beaucoup les endroits ombragés et humides. Un bain de soleil trop prolongé peut le tuer, et la sécheresse est sa kryptonite. Le blob joue un rôle essentiel dans nos écosystèmes. Il se nourrit de bactéries et de champignons et à l’issue de leur digestion, il excrète des nutriments qui vont enrichir le sol de nos forêts pour le plus grand bonheur des plantes.
Physarum polycephalum (son nom latin) et Badhamia utricularis (un cousin du blob) sont des modèles parfaitement appropriés pour notre projet car ils sont faciles à élever et à manipuler. De plus, leur survie dépend fortement de la température.

Références :
Livre grand public :
 
Livres scientifiques :
Rojas, C., & Stephenson, S. L. (Eds.). (2021). Myxomycetes: biology, systematics, biogeography and ecology. Academic Press.
Aldrich, H. C., & Daniel, J. W. (1982). Cell Biology of Physarum and Didymium.Academic Press.

Tester des hypothèses : la démarche expérimentale

Boîtes de blob

Un projet de recherche commence en général avec une observation. Par exemple, “on observe moins de blobs en forêt depuis quelques années”. Suite à une observation, on pose alors une question : “Qu’est ce qui est responsable de la disparition des blobs ? ”. Afin de répondre à cette question, on émet une hypothèse. Une hypothèse est une réponse plausible à la question basée sur des lectures d’articles scientifiques ou des observations. Notre hypothèse ici est : le blob est affecté par le réchauffement climatique. Afin de valider ou d'invalider notre hypothèse, on planifie une expérience qui nous permettra de tester notre hypothèse. Pour cela, on rédige un protocole expérimental. Le protocole expérimental compile les étapes à suivre et le matériel nécessaire pour réaliser l’expérience, un peu comme une recette de cuisine. Dans notre expérience, le blob sera soumis à des changements de température pendant 5 à 10 jours et on mesurera quotidiennement sa croissance et sa capacité à explorer un nouveau territoire (comportement d’exploration). Lorsqu’on teste une hypothèse, il est important de modifier un seul paramètre : la température. Tous les autres paramètres (ex : éclairage, nourriture, substrat) susceptibles d’affecter le blob doivent rester constants. A la suite des expériences, on collecte les données, on les interprète et on tire des conclusions. Si l'hypothèse est vérifiée, on pourra faire d'autres expériences pour la confirmer ou la préciser. Par exemple, si nous parvenons à démontrer que les changements de température influencent la croissance du blob, on pourra ensuite essayer de comprendre si cela affecte aussi sa capacité à se reproduire. Si l'hypothèse est réfutée, on devra alors formuler une nouvelle hypothèse. Celle-ci pourrait être par exemple que la disparition des blobs est due à la pollution. La méthode expérimentale est un processus itératif : le résultat d'une expérience devient une base sur laquelle on s'appuie pour poser une nouvelle question et conduire une nouvelle expérience. La démarche expérimentale consiste donc à avancer une idée à l'aide de faits concrets, mesurables et observables.

Bibliographie et impacts connus de la chaleur sur le blob

vignette blob dans une boîte sous une lampe infrarouge

Avant de démarrer une étude, on commence toujours par une étape de recherche bibliographique. Il faut en effet s’informer sur les connaissances déjà accumulées sur notre sujet de recherche : les effets des changements de température sur le blob.
Pour cela, les scientifiques utilisent des moteurs de recherches spécialisés qui répertorient les articles et les livres publiés par des scientifiques. Ces derniers sont différents des livres de vulgarisation et des articles publiés dans des revues de vulgarisation, type Science & vie, la Recherche ou Pour la science. Premièrement, avant d'être publié, les articles scientifiques sont examinés par un éditeur et par 2 à 5 spécialistes du domaine qui valident ou pas la publication (voir conférence au Quai des Savoir pour plus de détails sur le processus de publication). Deuxièmement, ils s'adressent à des spécialistes du domaine et ne sont pas forcément à la portée de toutes et tous, contrairement à des articles vulgarisés. Troisièmement, ils sont la plupart du temps écrits en anglais !
Exemple de titre d'article sur notre sujet de recherche:
 
  • Oscillating contractions in protoplasmic strands of Physarum: Simultaneous tensiometry of longitudinal and radial rhythms, periodicity analysis and temperature dependence.
  • Regulation of thymidine kinase synthesis during the cell cycle of Physarum polycephalum by the heat-sensitive system which triggers mitosis and S phase.
Il existe des moteurs de recherche payants ou gratuits comme par exemple Google Scholar et PubMed. Comme avec tout moteur de recherche classique, il faut entrer les mots clés du sujet qui nous intéresse. Il s’agit pour nous du blob et de la température. Pour le mot blob, on précise le nom d’espèce “Physarum polycephalum” et le nom vernaculaire (nom utilisé dans le langage courant) en anglais “slime mold”, car les scientifiques peuvent utiliser les deux. Pour le mot température, vu que l'effet de la chaleur nous intéresse aussi, on ajoute les deux : température et chaleur (en anglais: temperature, heat) La requête devient alors : (“Physarum polycephalum” OR “slime mold”) AND (temperature OR heat). Elle renvoie 16 400 articles dans Google Scholar et 263 articles dans PubMed. PubMed a le défaut de ne pas répertorier tous les articles publiés, Google Scholar a le défaut de ne pas faire le tri… PubMed et Google Scholar permettent également de faire des recherches très précises, par exemple demander à ce que les mots clés se trouvent dans le résumé de l’article ou dans le titre de celui-ci. On a ainsi moins de chance de se voir proposer des articles hors sujet. Les deux moteurs de recherche offrent aussi deux options intéressantes : “related articles” et “cited by”. Si par exemple vous avez identifié un article pertinent (Effects of supraoptimal temperatures on the myxomycete Phyrasum polycephalum), il est intéressant de connaître les articles similaires "related articles”) et ceux qui y font référence (“cited by”) car ils doivent certainement traiter d'un sujet proche !
On apprend donc après une recherche bibliographique plusieurs éléments sur notre sujet d'étude qui vont influencer la construction de notre protocole, voici quelques exemples:
 
  • Le blob préfère aller vers une zone à 29°C que vers une zone à 19°C (Ref 1 )
  • Le flux cytoplasmique (le liquide qui coule dans les veines du blob) ralenti après 10 min à 32°C. Le flux s’arrête totalement et la respiration est réduite après 10 min à 38°C. Après 10 min à 47°C arrêt totale de la respiration, écoulement du cytoplasme à l’extérieur de la cellule (le blob se vide de son cytoplasme) (Ref 2)
  • 30 min à 37°C entraînent un délai du processus de mitose ( = division des noyaux, processus qui a lieu toutes les 8 à 10h) et par conséquent un retard de croissance (Ref 3)
  • Après 10 min à 42°C le flux s’arrête, la membrane démontre des altérations, les mitochondries (organites qui sont les centrales énergétiques des cellules) sont déformées, retard de la mitose également. Après 9h tout rentre toutefois dans l’ordre (Ref 4) !
  • Des blobs sous forme de sclérotes peuvent se réveiller après valoir passé 32 jours à 60°C (Ref 5)
  • La période de contraction des veines (qui est liée à la vitesse de déplacement chez le blob) diminue de 2.31min à 14°C à 1.19min à 24°C. Ce qui signifie que le blob se déplace plus vite à 24°C qu’à 14°C. Entre 24°C et 30°C la période reste constante et commence à diminuer après 30°C (Réf 6).
  • 32°C est la température maximale permettant aux blobs de croître normalement et permettant d'observer un cycle mitotique non altéré (Ref 7).
  • Un blob conservé à 35°C meurt après 24h et un blob conservé à 32.5°C meurt après 3 jours. La température idéale est 21°C (pour la reproduction en particulier) (Ref 8 )
La construction du protocole est donc basée sur ces connaissances !

1- Tso, W. W., & Mansour, T. E. (1975). Thermotaxis in a slime mold, Physarum polycephalum. Behavioral Biology, 14(4), 499-504.
2-Bernstam, V. A., & Arndt, S. (1973). Effects of supraoptimal temperatures on the myxomycete Physarum polycephalum. Archiv für Mikrobiologie, 92(3), 251-261.
3- Brewer, E. N., & Rusch, H. P. (1968). Effect of elevated temperature shocks on mitosis and on the initiation of DNA replication in Physarum polycephalum. Experimental Cell Research, 49(1), 79-86.
5-​​Blackwell, M., Waa, J. V., & Reynolds, M. (1984). Survival of myxomycete sclerotia after exposure to high temperature. Mycologia, 76(4), 752-754.
7-Wright, M., & Tollon, Y. (1978). Heat sensitive factor necessary for mitosis onset in Physarum polycephalum (temperature shift/heat shock/cycloheximide/ts mutant). Molecular and General Genetics MGG, 163(1), 91-99.
8-Gray, W. D. (1939). The relation of pH and temperature to the fruiting of Physarum polycephalum. American Journal of Botany, 709-714.

Le suivi du protocole et la tenue du cahier de laboratoire

Le cahier de laboratoire

Le protocole est une procédure expérimentale. Il réunit les conditions et le déroulement d’une expérience. C’est un peu comme la recette d’un plat à cuisiner. Il doit être suivi à la lettre pour une expérience réussie. Imaginez que vous enleviez la levure dans un gâteau, eh bien il ne gonflera pas ! Il est donc nécessaire que vous uniformisiez vos conditions expérimentales dans la mesure du possible et que vous suiviez le protocole à la lettre.

La description du protocole dans un article scientifique se fait dans la section “matériel et méthode”. Le scientifique doit être suffisamment clair et précis afin que son expérience puisse être reproduite à l’identique dans n’importe quel laboratoire au monde. Il est par exemple demandé de lister tous les fournisseurs de matériel dans cette section. Si un ou une scientifique décide de modifier le déroulé ou d’utiliser du matériel différent, il ou elle s’expose à ne pas retrouver les résultats attendus. C’est pourquoi les fournisseurs de matériel scientifique vendent à l’international.

Nous avons écrit le protocole en réalisant l'expérience au laboratoire dans des conditions qui sont les nôtres et qui sont légèrement différentes des vôtres. C’est pourquoi le protocole est peaufiné à mesure de vos questions et de vos pré-tests à la maison. On en profite d’ailleurs pour remercier chaleureusement  les volontaires qui se lancent dans de nombreux tests et nous font remonter leurs observations. Dans la recherche, ces pré-tests sont appelés “expériences pilotes”. Grâce à vos retours par exemple, nous avons pu expliquer comment augmenter la température au mieux en vous offrant des solutions (voir la FAQ protocole ci-dessous).

Nous allons également, grâce à vos observations, ajouter des informations dans le protocole pour l’améliorer. Par exemple, les boîtes de Pétri sont empilées dans les blob-house donc il faudra noter dans son cahier de laboratoire la position des blobs dans la pile (en haut, au centre, en bas) car la température varie entre le bas et le haut de la pile. Ces petits ajustements de protocole seront compilés à la fin du fichier "Protocole" et "Protocole - 10 jours" disponibles ci-dessous.

Afin de se remémorer le déroulé de l’expérience, les observations réalisées et les difficultés rencontrées, il est essentiel de garder une trace écrite de l’expérience dans un cahier. Chaque chercheur et chercheuse rapporte ses observations quotidiennes dans un cahier de laboratoire, une sorte de journal intime du scientifique. Ce cahier permet de garantir la traçabilité des résultats de recherche et il obéit à des règles précises. Par exemple, il ne faut jamais arracher une page ou utiliser du correcteur blanc (un cahier de laboratoire ayant une valeur juridique, on ne doit pas pouvoir vous soupçonner de falsification). Il faut raturer. Le texte supprimé ou corrigé doit toujours rester lisible. Chaque ajout au cahier doit être daté. Vous pouvez par contre coller des photos dans votre cahier. Les cahiers numériques sont à l’étude mais ne sont pas mis en place au CNRS car ils n’assurent pas encore une bonne traçabilité des résultats.

Afin de vous faciliter la tâche, nous vous avons préparé un formulaire qu’il vous faudra remplir au fur et à mesure de l’expérience. Les informations qui vous sont demandées dans ce formulaire correspondent aux informations qui devraient figurer dans un cahier de laboratoire et qui devront absolument nous être communiquées à l’issue de l’expérience (pour cela une version de ce formulaire sur Lime-Survey vous sera transmise plus tard). Nous avons aussi préparé des aide-mémoires jour après jour (voir ci-dessous) pour vous aider quotidiennement à ne pas oublier d’étape, cochez chaque étape après l’avoir réalisée. Vous pouvez aussi vous créer votre propre aide-mémoire !

Deux règles essentielles que les scientifiques suivent lorsqu’ils réalisent une expérience !

Groupe contrôle
 
Premièrement, ajouter un groupe contrôle (ou groupe témoin) au groupe expérimental (ou groupe traité). Le groupe contrôle réunit les individus qui ne subissent pas le traitement dont on cherche à mesurer les effets. Dans notre expérience, le groupe contrôle rassemble les blobs qui restent à température ambiante alors que le groupe expérimental rassemble les blobs qui endurent des augmentations de température. C’est en comparant le groupe contrôle au groupe expérimental que nous pouvons évaluer si la température a un effet sur les blobs.
 
Deuxièmement, s’assurer de la reproductibilité d’une expérience. Cette notion constitue le fondement de la méthode scientifique. Sans elle, les scientifiques n’ont aucun moyen de savoir si les résultats publiés sont valides, proviennent du fruit du hasard ou pire découlent d’une tricherie… La reproductibilité repose sur deux principes clés : répétabilité et réplicabilité.
Dans notre projet, l’expérience est dite répétable si un volontaire est capable de reproduire et confirmer les résultats d’un autre volontaire. C’est pourquoi le même protocole est envoyé à 200 volontaires différents.
L’expérience est dite réplicable si un même volontaire est capable de produire des résultats comparables pour un même protocole. C’est pourquoi chaque volontaire conduira le même protocole sur plusieurs blobs : 4 blobs par groupe.
 
Il est rare de nos jours que les scientifiques reproduisent les expériences de leurs collègues à l’identique car il est difficile de publier une découverte déjà publiée. Toutefois, il arrive fréquemment que des scientifiques reproduisent une partie de l’expérience pour aller plus loin. En 2018, un chercheur Américain, Piero Anversa, de la prestigieuse université Harvard a affirmé dans une revue scientifique de renom que les cellules des muscles cardiaques étaient capables de régénération. Dans l’article, il démontrait qu’au sein de nos muscles cardiaques se trouvaient des cellules souches (cellules qui peuvent se différencier en n’importe quelles cellules) qui pourraient être activées afin de réparer un cœur. Cette étude a fait grand bruit et a intéressé de nombreux scientifiques qui souhaitaient mettre au point des solutions pour réparer les cœurs fragilisés par des infarctus. Après quelques années, devant les échecs répétés de ses collègues à reproduire l’expérience, le chercheur a été contraint de rétracter sa publication et de quitter son université. C’est probablement l’une des plus grosses affaires de fraudes scientifiques de ces dernières années.
Une personne qui fraude ne fait pas avancer la connaissance mais fait également perdre du temps à de nombreux scientifiques. Dans les dernières années, afin de contrecarrer la fraude, les revues sérieuses demandent à ce que les scientifiques joignent leur données, vidéos, photos, etc… à leur article lors de la publication.

Présentation des différentes souches

Les sachets comportant les différentes souches de blob

Les souches

Les individus qui appartiennent à une même souche sont des clones d’un unique individu, ils sont donc de la même espèce. Pour notre grand projet participatif, nous travaillons avec 8 souches différentes issues de 2 espèces :
Physarum polycephalum : AUS, JM, DW, LU et MALU (5 souches d’une espèce)
Badhamia utricularis : B1, B2 et B3 (3 souches d’une autre espèce) Et elles ont chacune leurs caractéristiques !
D’abord les souches de Physarum polycephalum qui sont jaunes.
AUS : Cette souche vient d’Australie et c’est de cette origine qu’elle tire son nom. D’un jaune poussin, c’est une souche très sensible aux changements de température. Elle est relativement lente mais elle est cependant très maligne ! En effet, c’est cette souche que les scientifiques ont utilisé lors de leurs travaux sur l’apprentissage.
JM : Son petit nom à elle, c’est Jean-Michel ! Elle est issue d’un croisement entre un blob japonais et un américain. Il fait partie de la team des blobs qui prennent leur temps, il est donc plutôt lent.
DW : Son nom complet est Day Walker qui signifie marcheur de jour. On lui a donné ce nom car il résiste bien à la lumière. Cette souche est relativement rapide.
LU : De son nom complet LU352, cette souche est la célébrité du groupe. C’est elle qui a accompagné Thomas Pesquet dans l’espace ! Cette souche sera un blob rapide et très résistant aux changements de températures. Elle a de lointaines origines américaines.
MALU : C’est plus rapide à dire que MA275xLU352, le réel nom de MALU. Vous l’avez peut-être deviné à son nom, il fait partie de la descendance de LU ! C’est une souche rapide qui vient du Wisconsin aux Etats-Unis. Attention, ne vous inquiétez pas s’il tourne au orange, c’est normal avec MALU !
Ensuite, les souches de Badhamia utricularis qui sont oranges et plus gluantes.
B1 : Cette souche vient d’un Badhamia français ! Elle a été trouvée à Saint-Germain-les-Belles dans la Haute Vienne. B1 est sûrement le blob le plus lent de toutes les souches (mais on l’aime quand même !).
B2 : Cette souche a également fait du chemin car elle nous vient d’Autriche. Elle fait également partie des souches un peu lentes.
B3 : Enfin, la souche B3 vient du Lot. Et oui encore une française ! C’est la plus rapide de nos souches de Badhamia. Elle reste cependant assez lente comparativement à LU ou MALU par exemple.
Mais comment savoir de quelle souche est votre blob ? Pour cela, il vous suffit de regarder sur la petite poche contenant les sclérotes.

L’état de mon blob

Certains et certaines d’entre vous ont peut-être remarqué que leur blob s’était “émietté”. Aucune inquiétude ! Le voyage et le passage dans la machine de l’entreprise de livraison pour étiqueter les enveloppes les ont un peu secoués. En réalité, un sclérote est un amas de petites sphères indépendantes (la poussière que vous voyez), qui peuvent toutes se réveiller individuellement. Avec le voyage, elles se sont simplement détachées du reste. Pour réveiller les blobs, il faut couper les papiers en deux, les tremper dans l’eau brièvement, les égoutter et les déposer sur la gélose (voir protocole & webinaire). Les poussières donnent aussi du blob, il faut donc les déposer directement sur la gélose ou sur les papiers, elles fusionneront bien vite avec le reste !
Ça y est, votre petit protégé n’a (presque) plus de secret pour vous !

Les protocoles

vignette préparatifs

Préparatifs

Vous trouverez dans ce document les informations pour préparer l'expérience "Derrière le blob, la recherche".
Il s'agit du premier fichier à consulter dans le cadre de la mise en place du protocole de l'expérience.

Vignette Réveil et croissance

Réveil et croissance

Vous trouverez dans ce document toutes les informations pour réveiller et assurer la croissance de vos blobs, de façon à avoir suffisamment d'individus pour réaliser l'expérience "Derrière le blob, la recherche".
Il s'agit du deuxième document à consulter dans le cadre de la mise en place du protocole de l'expérience

vignette protocole

Protocole

Ce document correspond au protocole complet et illustré de l'expérience "Derrière le blob, la recherche".
Il correspond au troisième document à consulter dans le cadre de la mise en place du protocole de l'expérience.

vignette protocole 10 jours

Protocole- 10 jours

Ce document correspond au protocole complet et illustré de l'expérience "Derrière le blob, la recherche". C'est une version du document "protocole" étendue à 10 jours pour les volontaires qui souhaitent faire plus.
Il correspond au troisième document à consulter dans le cadre de la mise en place du protocole de l'expérience. Si vous ne souhaitez faire l'expérience que sur 5 jours, référez-vous au fichier "Protocole".

vignette FAQ protocole

La FAQ sur le protocole

Vous trouverez dans ce document les réponses aux questions les plus courantes concernant le protocole.

vignette liste des protocoles

Liste des protocoles

Ce document vous listera les différents profils de température à suivre selon le protocole que vous allez devoir suivre pour l'expérience "Derrière le blob, la recherche".
Il s'agit du quatrième document à consulter dans le cadre de la mise en place du protocole de l'expérience.

vignette code protocoles

Codes pour l'assignation des protocoles

Vous retrouverez les informations pour vous retrouver dans ces tableaux dans le mail récapitulatif que vous avez reçu. N'hésitez pas à utiliser la fonction "rechercher" de votre lecteur de PDF pour retrouver plus facilement le code qui vous correspond. (FICHIER EN COURS DE MISE A JOUR)

Cahier de laboratoire

Le cahier de laboratoire

Afin de se remémorer le déroulé de l’expérience, les observations réalisées et les difficultés rencontrées, il est essentiel de garder une trace écrite de l’expérience dans un cahier. Chaque chercheur rapporte ses observations quotidiennes dans un cahier de laboratoire. Ce cahier permet de garantir la traçabilité des résultats de recherche. Le document à télécharger ci-dessous vous permet de connaitre le type d'informations à consigner dans votre cahier.

La sécurité avant tout

Consignes de sécurité

Afin de réaliser votre expérience dans les meilleures conditions et d’éviter les risques d’incendie, vous trouverez dans ce document quelques consignes de bon sens et des astuces.

Liste du matériel

La liste du matériel 

Pour mener à bien l’expérience qui permettra d’étudier l’impact du changement de température sur le développement du blob, vous aurez besoin d’un certain matériel. Vous trouverez dans ce document toutes les références du matériel nécessaire.

Les ressources

Le webinaire protocole

Dans ce webinaire consacré au protocole, Audrey Dussutour revient sur l'expérience et ses grandes étapes et se prête au jeu des questions/réponses.

Les gestes du protocole

Les gestes du protocole

Ce tutoriel vous montrera pas à pas comment réaliser le protocole de l'expérience "Derrière le blob, la recherche".

Tuto analyse

L'analyse des images du blob
Ce tutoriel vous montre comment analyser vos images avec le logiciel ImageJ et ainsi obtenir des données pour l’analyse par machine learning qui sera faite par la suite.

La FAQ

La foire aux questions

Vous vous posez certainement beaucoup de questions sur le blob et cette expérience de science participative. Voici les réponses d'Audrey Dussutour, spécialiste du blob au CNRS, aux questions les plus fréquemment posées.

Glossaire

Le glossaire

Retrouvez la définition des termes utilisés pour décrire le blob ou pour réaliser l’expérience et que vous croiserez ou entendrez dans les diverses ressources liées au projet Derrière le Blob, la recherche.

L'exposition

L'exposition

Cette exposition de 10 panneaux présentée au Quai des savoirs à Toulouse permet de suivre les étapes incontournables d’un protocole de recherche et de comprendre comment se déroule une expérience scientifique rigoureuse.

photo : Patrice HENRICH-LUCAS

Statistiques du matériel utilisé par les volontaires

Retrouvez un récapitulatif des données concernant le matériel utilisé et les conditions expérimentales mises en place pour l’expérience. Ces données sont issues de 7138 protocoles réalisés par 3453 volontaires.