Émergence de souches de tuberculose multirésistantes, non détectées par les tests standards

Le 26 septembre dernier, les Nations Unies ont convenu de lever 13 milliards de dollars annuels afin d’éradiquer la tuberculose d’ici 2030. Avec 10 millions de nouveaux cas et 1,6 millions de morts en 2017, elle est la première maladie infectieuse au monde, devant le VIH. Plus de 450 000 nouveaux cas de tuberculose multiresistante aux antibiotiques sont apparus, dont seulement 25% ont été détectés. Une étude d’une équipe de recherche internationale1 co-dirigée par Philip Supply, chercheur CNRS au Centre d'infection et d'immunité de Lille (CNRS/Inserm/Institut Pasteur de Lille/Université de Lille), souligne la gravité de ce problème de sous-détection, notamment en Afrique du Sud.

Ces travaux publiés dans The Lancet Infectious Diseases montrent que des souches de Mycobacterium tuberculosis (bactérie responsable de la maladie) isolées dans ce pays portent une combinaison particulière de mutations les rendant résistantes notamment aux deux antibiotiques principaux prescrits en première intention, la rifampicine et l’isoniazide. Cette résistance combinée n’est pas détectée par les tests standards recommandés par l’OMS : la région génétique portant une mutation singulière de résistance à la rifampicine n’est pas couverte par le test ADN, et la résistance au traitement associée à cette mutation n’est pas repérée par le test de culture.

Cette non-détection entraîne des traitements de première intention inefficaces chez les patients, une mortalité et une contagion accrues, et l’acquisition de résistances additionnelles à d’autres antibiotiques. Les chercheurs ont notamment détecté la présence de mutations probables de résistance à la bédaquiline, la molécule la plus récente pour traiter les tuberculoses multirésistantes, apparues juste après le début de son utilisation dans le pays en 2013.

Cette découverte a été réalisée notamment grâce à un nouveau test de dépistage de multirésistance de la bactérie, développé par Genoscreen2 avec la collaboration de P. Supply. Contrairement au test ADN standard, ce test analyse un large panel de gènes cibles de la bactérie et permet d’identifier des résistances à plus d’une dizaine d’antibiotiques simultanément. Ces résultats peuvent être obtenus en seulement un à trois jours, au lieu des semaines nécessaires aux tests de culture. Ce test aidera donc à remédier à la sous-détection problématique des multirésistances.

Il bénéficiera d’un nouvel algorithme de détection de mutations de résistance, dont l’efficacité vient d’être démontrée dans une publication dans The New England Journal of Medicine par un autre consortium (CRyPTIC)3 auquel le Dr Supply et Genoscreen ont participé. Cette étude s’est basée sur l’analyse de 10 000 génomes, ce qui en fait un des plus grands projets de séquençage d’ADN bactérien réalisés à ce jour.

• 1National Health Laboratory Service, Dr George Mukhari Tertiary Laboratory, Pretoria, Sefako Makgatho Health Sciences University, Pretoria, and Gauteng Department of Health, Hatfield, Afrique du Sud ; National Reference Laboratory, Ministry of Health, Mbabane, Swaziland; Forschungszentrum Borstel and German Center for Infection Research, Borstel Site, Borstel, Allemagne ; Institute of Tropical Medicine and University of Antwerp, Antwerp, Belgique ; Université Catholique de Louvain, Bruxelles, and Katholieke Universiteit Leuven, Leuven, Belgique
• 2Entreprise spécialisée en génomique, située sur le campus de l’Institut Pasteur de Lille.
• 3Voir http://www.crypticproject.org/wp-content/uploads/2018/09/Prediction-of-Susceptibility-to-First-Line-Tuberculosis-Drugs-by-DNA-Sequencing.pdf