Pour chacun de ses 10 instituts, le CNRS met en place un conseil scientifique d'institut.

CSI du mandat en cours

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INP : Institut de physique
IN2P3 : Institut national de physique nucléaire et de physique des particules
INSIS : Institut des sciences de l'ingénierie et des systèmes
INSU : Institut national des sciences de l'univers
INC : Institut de chimie
INSB : Institut des sciences biologiques
INSHS : Institut des sciences humaines et sociales
INEE : Institut d'écologie et environnement
INSMI : Institut national des sciences mathématiques et de leurs interactions
INS2I : Institut des sciences de l'information et de leurs interactions